Miličković je i trenersku karijeru počeo u Sutjseci, u kojoj je sa mlađim selekcijama radio u pereiodu od 2006. do 2014. Od 2012. do 2015., bio je pomoćni trener u kadetskoj selekciji Crne Gore, zatim selektor pionirske, a kadetsku reprezentaciju predvodio je u periodu od 2015. do 2018.. Kao šef stručnog štaba predvodio je i fudbalere Ibra i Grblja.

Svojevremeno, Miličković je bio i rukovodilac omladinske škole Sutjeske, a pomoćnik je bio Miliji Savoviću, Nenadu Brnoviću, Vladimiru Jankoviću, Draganu Mijanoviću i Miljanu Radoviću.

Miličković će na klupi Jezera zamijeniti Radosava Bulića, koji je preuzeo pljevaljski Rudar.