Podrazumijevano, iPhone koristi Apple aplikacije za sistemske akcije kao što su otvaranje veb-linkova, pozivi, poruke ili prevod teksta.

Međutim, iOS omogućava da u brojnim kategorijama izaberete aplikacije trećih strana kao podrazumijevane, a dostupnost tih opcija zavisi od zemlje u kojoj se nalazite, zbog različitih regulatornih zahtjeva širom svijeta.

Promjena podrazumijevanih aplikacija vrši se tako što uđete u Settings, zatim Apps, pa Default Apps. Na tom mestu Apple detaljno objašnjava svaku kategoriju i šta se tačno mijenja kada izaberete novu podrazumijevanu aplikaciju.

Za sve korisnike iPhonea dostupna je mogućnost izbora drugog internet pregledača umjesto Safarija za otvaranje linkova, druge aplikacije za pozive umjesto Phone ili FaceTime aplikacije, kao i aplikacije za filtriranje poziva koja prikazuje identitet pozivaoca i blokira neželjene pozive.

Takođe je moguće izabrati alternativu Mail aplikaciji za slanje mejlova, novu tastaturu za unos teksta na nivou celog sistema, drugu aplikaciju za instant poruke umjesto Messages-a, alternativu za Passwords aplikaciju za automatsko popunjavanje lozinki, kao i drugu aplikaciju za prevođenje teksta umjesto Apple Translate-a.

U velikom broju zemalja, među kojima je i Srbija, korisnici dodatno mogu da izaberu aplikaciju za beskontaktna plaćanja koja koristi ugrađene NFC tehnologije telefona. Ova opcija dostupna je u Evropskoj ekonomskoj oblasti, SAD, Velikoj Britaniji, Kanadi, Japanu, Australiji i nizu drugih država širom svijeta.

U Evropskoj uniji i Japanu uvedena je i mogućnost izbora alternativne prodavnice aplikacija umesto App Store-a, kao i promjene podrazumijevane navigacione aplikacije umjesto Apple Maps-a prilikom otvaranja lokacija.

Samo u Evropskoj uniji dodatno je omogućeno da korisnici izaberu aplikaciju za pozivanje umjesto Phone aplikacije, kao i aplikaciju za slanje i prijem SMS i RCS poruka umjesto Messages-a.